Nantinya, 22 klub itu akan dibagi dalam lima grup. Pembagian grup berdasarkan pertimbangan geografis klub yang bersangkutan.
Kompetisi ISL U-21 2014 akan berlangsung dalam empat babak. Babak penyisihan berlangsung pada 12 April–12 Juni 2014. Tim yang berhak lolos ke babak 12 besar adalah peringkat pertama dan kedua grup 1, peringkat pertama, kedua, dan ketiga grup 2, peringkat pertama, kedua, dan ketiga grup 3, peringkat pertama dan kedua grup 4, serta peringkat pertama dan kedua grup 5.
Pada fase itu, grup 1-4 menggunakan sistem kandang-tandang, sementara grup 5 menerapkan sistem home tournament. sementara itu pada babak 12 besar, tim yang lolos akan terbagi dalam tiga grup.
Masing-masing grup terdiri dari empat klub, dengan sistem home tournament. Babak 12 besar akan berlangsung pada 9 Agustus-6 September.
"Pada fase 12 besar ini, juara masing-masing grup dan satu runner-up terbaik berhak maju ke babak semi-final. Di babak semi-final ini akan menggunakan sistem knock-out dan format home & away, pada 14 dan 20 September 2014. Sedangkan final akan berlangsung pada 27 September 2014," ucap Joko Driyono, CEO PT Liga Indonesia.
Mengenai pemain yang boleh didaftarkan adalah pemain dengan kelahiran maksimal 1 Januari 1993. Sedangkan pendaftaran pemain tahap pertama akan berlangsung pada 5 Maret–11 April. Sedangkan pendaftaran tahap kedua pada 9-23 Mei 2014.
Berikut pembagian grup ISL U-21:
Grup 1: Sriwijaya FC-Semen Padang-Persib Bandung-Pelita Bandung Raya
Grup 2: Persija Jakarta-Persita Tangerang-Persijap Jepara-Persiba Bantul-Arema cronus
Grup 3: Persela Lamongan-Persepam Madura United-Gresik United-Persebaya Surabaya-Persik Kediri
Grup 4: Putra Samarinda-Persiba Balikpapan-Mitra Kukar-Barito Putera
Grup 5: Persipura Jayapura-Persiram Raja Ampat-Perseru Serui-PSM Makassar
